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国家“十二五”规划纲要指出，当前“发展中不平衡、不协调、不可持续问题依然突出”，“制约科学发展的体制机制障碍依然较多”。笔者认为，现行环保部门单一的行政管理职能，就属于这些体制机制障碍之一。
目前，我国各级政府的环境保护职责范围主要涉及环保、发改、水利、国土资源、林业、住建和农业等部门，生态、环境、资源保护和利用的监督管理职能交叉重叠，导致这些部门之间协调困难，行政成本高，工作效率低。2008年我国将国家环保总局组建成环境保护部，并赋予其“统筹协调、宏观调控、监督执法和公共服务”四大行政职能。虽然环境保护部成为国务院组成部门，但实际上其已经延续了30多年的管辖范围、管理手段和及其职权并未发生根本性改变，地方环保部门在机构改革的“大部门制”中，也无特殊突出表现。
国家“十二五”规划纲要提出，“以科学发展为主题”，“以加快转变经济发展方式为主线”，“坚持把建设资源节约型、环境友好型社会作为加快转变经济发展方式的重要着力点。深入贯彻节约资源和保护环境基本国策，节约能源，降低温室气体排放强度，发展循环经济，推广低碳技术，积极应对全球气候变化，促进经济社会发展与人口资源环境相协调，走可持续发展之路”。纲要第六篇又完整地叙述了“十二五”期间，政府“面对日趋强化的资源环境约束，必须增强危机意识，树立绿色、低碳发展理念，以节能减排为重点，健全激励与约束机制，加快构建资源节约、环境友好的生产方式和消费模式，增强可持续发展能力，提高生态文明水平”5个既独立又交叉的生态环境保护管理领域。要履行好这些职责，环保部门必须大胆改革，积极转变职能，由传统的、一般性的行政管理方式向公共管理转变，成为一个推进科学发展的综合部门。
所谓综合，就是把事物的各部分联结成一个整体加以考察的方法。“辩证逻辑把分析与综合看做是认识过程中相互联系着的两个方面，并把它们作为一种统一的思维方法”。政府综合部门就是要用这种思维方法处理其法定职责范围的工作。综合部门具有两大主要特点:一是具有行政决策和公共管理的双重职能；二是具有协调、平衡政府一般专业部门之间各种行政资源的职权。惟其如此，方可算是具备综合能力。
长期以来，环保部门不具有综合职能，其制定的环境政策以及与之相关的环境管理制度虽然发挥了遏制污染扩张的作用，但由于始终无法从综合角度实施社会以及公共管理，导致其政策干预效力不强，有时甚至呈现边缘化状态。在环保工作方法上也因不具备综合职能，只强调政府行政行为，无法通过调节经济活动的基本规律满足社会和民众对环境质量的根本需求，导致一些地方政府视环境保护为包袱和企业负担，在一定程度上加深了保护与发展的矛盾对立。
那么，环保部门如何真正地转变为政府综合部门？笔者认为，要使环保部门成为政府综合部门，除了必要的法律支撑外，还需在以下方面加大工作力度:
首先，各级政府要深刻认识环境保护对落实科学发展观的重要意义，以及科学发展与转变经济发展方式对生态环境质量的本质需求。环保部门的职能不应仅仅局限在控制污染、遏制环境恶化等方面，而应该充分引导各地树立发展“绿色经济”的环保理念，改革更新管理思路，在充分利用资源、能源的基础上，遏制污染、提高GDP的正向效益。若环保部门具有更完善的综合决策权和宏观调控力，就能更有效地与其他相关部门协调配合，扭转一些地区单纯追求GDP数字的现象，促进实现更广义的“绿色经济效益”。
其次，要强化法治，依法对全社会的环境保护工作实施统一监督管理。各级环境保护行政主管部门必须履职尽责，加强层级监管，支持并充分利用舆论监督，切实达到横向部门协调顺畅，纵向地域贯彻通达，彻底消除推诿扯皮、地方保护等不良现象。
第三，必须从建设小康社会和基本实现现代化的目标及特点出发，改变环保部门固有的行业本位主义，深入研究、积极借鉴、吸收转化发达国家进行生态环境保护和管理的先进方法。
第四，改变部门内部的行政方向，整合部门公共资源。要彻底摒弃一些地方政府片面追求“环保光环”的做法，不折不扣地以实际环境质量作为考核政府生态环境保护政绩的依据，使评判生态环境优良与否的话语权回归民众。
此外，环保部门诚然还有许多与综合能力有关的功课需要逐步、稳步做好，但是在社会和民众中树立环保部门公正、公平的良好形象，切实维护群众的环境权益，将是环保部门成为政府综合部门必须具备的基本能力。
