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氯作为一种氯化和消毒的化学药剂，从十九世纪英国皇家污水委员会首次应用污水处理至今,已有一百多年的历史，氯化法处理根据投加氯化物的不同又分为次氯酸钠法、液氯法和二氧化氯法。
(1)次氯酸钠投加法
次氯酸钠(NaClO)是最原始的消毒处理方法之一，该方法由于原料来源方便、产品稳定安全、运输方便等特点，应用较为广泛。次氯酸钠作为商品在市场可以购买，也可以现场制作，目前小型医院废水处理现场制作一般采用电解食盐法，但次氯酸钠消毒能力弱，处理过程中带来废渣，正逐步被其它产品替代。
(2)液氯法
液氯消毒以它消毒能力强、价格便宜等特点广泛应用于自来水和医院污水消毒，液氯的含氯浓度高,有效氯含量达99%以上，比次氯酸钠溶液高5~10倍，但氯气是一种有刺激性气味的黄色有毒气体，必须有专用的贮存设备和加氯设备。目前，典型的加氯设备有人工定时开启式加氯和自动提升加氯，但有关资料研究表明，液氯(Cl2)会与氨反应生成一氯胺、二氯胺及三氯胺而消耗液氯，也能形成有致癌作用的三卤甲烷(THM)，加上液氯的不完全性，所以液氯消毒受到限制。
(3)二氧化氯法
二氧化氯(ClO2)在水中的溶解度是氯的5倍，其氧化能力是氯气的215倍左右，是一种强氧化剂。是国际上公认的含氯消毒中唯一的高效消毒剂，它可以杀灭一切微生物，包括细菌繁殖体、细胞芽孢、真菌、分枝杆菌和病毒等。它能有效地破坏水中的微量有机污染物，如苯并芘蒽醌、氯仿、四氯化碳、酚、氯酚、氰化物、硫化氢及有机硫化物等，能很好地氧化水中一些还原状态的金属离子如Fe2+!Mn2+!Ni2+等。二氧化氯最大的优点在于与腐殖质及有机物反应几乎不产生发散性有机卤化物，不生成并抑制生成有致癌作用的三卤甲烷，也不与氨及氨基化合物反应。
二氧化氯由于其不安定性与不稳定性，生产、运输和贮存都较困难，一般必须现场制作，制备二氧化氯的起始原料有含氯无机盐(主要是次氯酸钠、氯酸钠等)和氯气。
目前国内已有此种产品出售，通常称二氧化氯发生器(化学法)，另外，国内市场上有通过电解食盐水制备二氧化氯的装置，实践证明，电解法ClO2发生器存在不少缺点，二氧化氯具有高效、快速、广谱的消毒性能，越来越引起人们的关注，但最新研究表明：加入到水中的二氧化氯有50%~70%转变为ClO-2、ClO-3而ClO-2、ClO-3对红血细胞有损害，对碘的吸收代谢有干扰，还会使血液胆固醇升高。
2 、臭氧消毒
臭氧消毒广泛应用于城市给水、城市污水消毒，臭氧消毒克服了氯在运输、储存和处理过程中的危险，其消毒接触时间短，能改善污水水质，是一种优良的消毒剂，臭氧消毒还广泛应用于食品工业和医药工业。
臭氧用于医院污水消毒，可有效地杀灭大肠菌，小儿麻痹等病毒，臭氧消毒作用不受废水中氨氮含量及pH值的影响。
臭氧也必须现场制造产生，制取有以空气为气源制备臭氧和以氧气为气源制备臭氧，根据臭氧发生量的大小，其制造成本也不一样，一般来讲，臭氧发生器价格比较贵。由于目前对医院污水的排放在GBJ48-83标准中明确医院排放的污水不得检出肠道致病菌和结核杆菌及总大肠菌群每升不得大于500个，或用氯化法消毒时，以接触时间和接触池出水中的余氯含量为标准，加之臭氧消毒价格较氯化法贵。
因此，目前绝大部分医院用氯化法处理医院废水，在氯化法处理医院废水中，尤其以液氯为主。
据调查，医院废水处理在各大小城市均基本普及，但绝大部分镇、乡级医院废水没能得到处理，对于乡镇医院废水，由于水量相对小(小于10t/d)，在选择消毒方法时，认为宜用液氯法或二氧化氯法。相比较而言，此两种方法成本低，使用方便，易于管理。
